Les plus anciennes archives relatives au Mondō Ryū Heihō remontent actuellement au tout début du XVIIe siècle, à partir de la bataille de Sekigahara en octobre 1600.

À la fin de la période Sengoku, en 1598, Toyotomi Hideyoshi, qui avait poursuivi le processus d'unification entamé par le général Oda Nobunaga, mourut. Son héritier Toyotomi Hideyori, alors âgé de 5 ans, fut épargné du pouvoir en attendant sa majorité par le fameux Conseil des cinq Anciens, évitant ainsi que le Japon ne retombe dans la guerre civile. C'était sans compter sur les tensions entre deux de ses membres : Ishida Matsunari et Tokugawa Ieyasu.
Ce dernier entreprit de nombreuses manœuvres pour prendre le pouvoir sur le conseil quand le premier et d'autres de ses alliés restèrent fidèles au clan Toyotomi. Le Japon fut divisé en deux forces armées : celles de l'Ouest, soutenant le clan Toyotomi, dirigée par Ishida Matsunari, et celles de l'Est, dirigée par Tokugawa Ieyasu en personne. Après sept heures de combats et un avantage numérique pourtant en faveur du clan Toyotomi (130 000 contre 80 000), le général Tokugawa Ieyasu remporta la victoire et fut proclamé Shōgun en 1603 en instaurant son Bakufu à Edo, actuel Tōkyō.

Un samouraï nommé Mondō, du clan Shimazu, issu des troupes Toyotomi en déroute, serait parvenu avec d'autres samouraï à atteindre Kōbe pour se réfugier au sein du clan Yokoyama. Celui-ci aurait accueilli et protégé ce samouraï avec ses guerriers dans leur ville de Tatsuno.
Face à ces origines légendaires, les premières traces de la famille Yokoyama sont quant à elles, bien avérées. Celles-ci remontent au XIIe siècle. Cette famille dirigeait ainsi un des districts de la province de Harima, parfois appelée Banshū, dans l'actuelle province de Hyōgo. Les archives précisent le mariage entre ce samouraï Mondō et une des filles de la famille Yokoyama. En tant qu'expert en techniques guerrières et autres stratégies militaires, il aurait donc enseigné tout son savoir au sein de sa nouvelle famille d'adoption.

À partir de 1615, Miyamoto Musashi s'installa dans la province de Harima au service Ogasawara Tadanao et commençait à enseigner son art martial : le Enmei Ryū qu'il développait depuis une dizaine d'année. Par conséquent, il est tout à fait probable que le Mondō Ryū ait subit l'influence du Enmei Ryū de Miyamoto Musashi.

Yokoyama Heihachiro, le fils issu de ce mariage, devint vers 1630 le premier Sōke du Mondō Ryū Heihō. Peu à peu, la famille Yokoyama se scinda en plusieurs branches qui s'installèrent alors à Meiki, Izushi et Takino, d'autres villes alentour du Banshū. La branche principale, quant à elle, demeurait toujours à Tatsuno. À partir de ce moment, le Sōke devint un Gōshi, un daimyō qui possède et exploite ses propres terres. La famille Yokoyama possédait alors un château à Tatsuno et un autre à Izushi. Reconnue pour ses techniques redoutables, elle accéda au titre de Hatamoto, obligée au service direct du shogunat Tokugawa. En tant que tel, elle était exemptée du devoir de venir résider une année sur deux à Edo. Avec ce statut, le clan Yokoyama s'organisa en gumi, un groupe armé investi d'une mission précise. En l’occurrence, il s'agissait de lutter contre les vols et les actes incendiaires. Comme les cambriolages armés, les vols, et les incendies criminels étaient fréquents, le shogunat créa donc cette force armée d'intervention : le Sakitegumi (先手組). Surnommés Kuro no tabi (tabi noires) en raison de leurs habits noirs, les membres du Sakitegumi étaient craints et respectés. En effet, leurs interrogatoires étaient réputés extrêmement durs, ils n'hésitaient pas à employer la torture de manière efficace. Leur réputation pendant l'ère Edo n'était plus à faire. Tout au long de cette période de paix non armée, le Sakitegumi continua de pratiquer, développer son Mondō Ryū Heihō sur les ordres du shogunat.

De nombreux faits d'armes les font apparaître dans les archives tout au long de la période Edo. En 1701, Naganori Asano, plus connu sous le nom de Takumi no Kami Asano, qui vivait au château de Akō, s'était froissé avec Yoshinaka Kira, un noble issu d'une ancienne famille. Lorsqu'Asano dégaina son arme pour tenter de le tuer dans le Couloir des Pins du château d'Edo, le shogun Tokugawa Tsunayoshi le condamna à se faire seppuku et ordonna au daimyō Wakisaka de Tatsuno d'occuper son château d'Akō. Ce dernier se fit accompagner par le Sakitegumi Yokoyama qui vivait également à Tatsuno. Cet épisode de l'histoire du Japon est très connu pour les 47 ronins qui se sont lancés dans leur célèbre vendetta pour venger l'honneur de leur daimyō, Naganori Asano.
Sans qu'on en connaîsse la raison exacte, la branche principale de la famille Yokoyama basée à Tatsuno perdit le Mondō Ryū aux alentours de 1800. Seule la branche familiale qui vivait à Izushi possédait encore tout ce savoir martial et leur chef devint le nouveau Sōke du Mondō Ryū Heihō.
À la fin de la période Edo, le shogunat subit de nombreuses menaces d'attentats et d'attaques de groupes armés pour la défense de l'empereur Meiji Mutsuhito. En 1864, un groupe de révolutionnaires nommés Kinno no Shishi, partisans de la philosophie politique du Sonnō jōi, avait réussi à fabriquer un canon et planifiait un attentat terroriste contre le shogunat Tokugawa. Le Sakitegumi Yokoyama parvint alors à les stopper et exécuta un de leurs chefs. Lors de la période Meiji, avec la fin du shogunat et du système féodal, la famille Yokoyama se scinda à nouveau entre Kōbe et Takino. Par la suite, une grande partie de la famille fut décimée lors de la seconde guerre mondiale.

Le quatorzième Sōke, Isegawa Tsuneji, qui vivait à Takino enseigna le Mondō Ryū Heihō à son neveu : Yokoyama Masashi, l'actuel quinzième Sōke.

Yokoyama Heihachirō
Yokoyama Heizaemon
Yokoyama Genemon
Yokoyama Mototomo
Yokoyama Arumoto (vers 1710)
Yokoyama Motokazu (né à Izushi)
Noguchi Uemon
Yokoyama Kanetomo
Yokoyama Kanemune
Yokoyama Chōji
Yokoyama Genjirō (fin de la période Edo)
Yokoyama Kenjirō (né à Takino)
Yokoyama Eitarō (né à Kōbe)
Isegawa Tsuneji (né à Takino)
Yokoyama Masashi (né à Kōbe, 1954)